Allgemein ist durch Querbauwerke im Gewässer die Durchgängigkeit für die Fische und das Makrozoobenthos nicht gegeben. Die eingeschränkte Durchgängigkeit verhindert die Besiedlung umliegender Gewässerabschnitte und damit auch die Strahlwirkung von Strahlursprüngen. Daher ist das Entfernen von Querbauwerken oder der Bau von Umgehungsgerinnen und Fischaufstiegshilfen bei einer ganzheitlichen Aufwertung eines Gewässers und der Renaturierung nach dem Strahlwirkungskonzept zu priorisieren. Anderenfalls können Querbauwerke die Wirksamkeit von  Renaturierungsmaßnahmen stark beeinflussen, da ein Gewässerabschnitt, der durch Querbauwerke eingegrenzt ist, nur ein sehr geringes Wiederbesiedlungspotenzial hat.

Querbauwerke beeinflussen besonders Wanderfische, da die Wanderung in die Laichhabitate eingeschränkt ist, wodurch es zur Reduzierung der Bestände kommt. Darunter fallen für Tieflandbäche die Arten Bachforelle, Barbe, Döbel und Quappe (Dumont et al. 2005). Des Weiteren können Querbauwerke die Durchwanderbarkeit flussabwärts einschränken. Zwar können Fische die Barrieren zumeist überwinden, jedoch kann es zu Verletzungen kommen. Abhängig von den Fischarten kann es bereits bei geringen Absturzhöhen oder durch Kollision mit dem Untergrund zu Verletzungen kommen (Dumont et al. 2005)

Darüber hinaus verändern große Querbauwerke die Hydromorphologie des Gewässers. Staubereiche oberhalb des Querbauwerks können zu einem höheren Prädationsdruck durch eine veränderte Artzusammensetzung führen. Dies kann besonders zu einer Verringerung des Bestandes von Friedfischen führen. Die geringe Fließgeschwindigkeit oberhalb großer Querbauwerke kann dazu führen, dass rheophile Arten, die auf eine hohe Strömungsgeschwindigkeit angewiesen sind, wie beispielsweise Barbe und Hasel, die Gewässerabschnitte nicht mehr besiedeln können. Gleichzeitig bietet ein durch ein Querbauwerk geprägter Gewässerabschnitt zwar einen Lebensraum für adulte Döbel oder Hasel, jedoch bietet der Abschnitt kein Reproduktionshabitat, wodurch die Besiedlung von den Zuwanderungsmöglichkeiten abhängt. Zudem werden die Lebensräume bodenorientierter und kieslaichender Fischarten und Wirbelloser beeinträchtigt. Querbauwerke beeinflussen außerdem die Artgemeinschaft der Wirbellosen. Durch sedimentierendes Feinsubstrat, veränderte Temperaturen und mögliche Sauerstoffdefizite ist die Gegenstromwanderung für Makrozoobenthos massiv erschwert. Dadurch sinkt in diesen Bereichen des Gewässers die Artenvielfalt und die Artengemeinschaft entspricht nicht dem jeweiligen Fließgewässertypen, da die Habitatbedingungen stark von dem natürlichen Zustand abweichen (Dumont et al. 2005).

Insgesamt sind Gewässerabschnitte mit großen Querbauwerken von einer verarmten Artenvielfalt gekennzeichnet. Daher entspricht die Gewässerbewertung nach der WRRL in diesen Abschnitten zumeist nicht dem guten ökologischen Zustand bzw. Potenzial (Dumont et al. 2005).